Very happy to announce my new collaboration with Nicolas Nègre and Nathalie Volkoff from the DGIMI lab just got its first grant ! Below the abstract of our project:
La guêpe parasitoïde Hyposoter didymator (Hymenoptera; Ichneumonidae) pond ses oeufs dans le corps de chenilles. Au moment de la ponte, la guêpe injecte également les particules virales d'un ichnovirus (HdIV), essentielles à la réussite du parasitisme. Le génome d'HdIV est composé d’une soixantaine de régions distinctes intégrées dans celui de la guêpe. Ce n'est cependant que dans le calyx, une région ovarienne spécialisée dans la production des particules virales, et au cours du développement nymphal, que se déclenchent l’amplification coordonnée des séquences virales ainsi que la transcription des gènes de la machinerie virale.
Dans ce projet, nous voulons explorer les caractéristiques du génome de la guêpe autour des loci contenant les séquences virales afin d'identifier les mécanismes permettant d'activer - ou de lever la répression de HdIV de manière tissu-dépendante. Pour ce faire, nous proposons d'analyser l'environnement chromatinien du génome d'H. didymator dans les cellules du calyx, par rapport à un tissu non réplicatif. Tout d'abord, par re-séquençage d'ADN génomique et analyse du nombre de copies, nous cartographierons les unités de réplication virales. L'analyse des séquences aux frontières de ces unités de réplication nous donnera des indications sur les potentiels mécanismes de régulation de cette amplification. Nous analyserons la méthylation de l'ADN, un mécanisme épigénétique bien caractérisé - en particulier chez les hyménoptères, pour déterminer si les unités de réplication virales sont associées ou non à un profil de méthylation particulier. Puis, nous proposons d'utiliser des expériences d'ATAC-seq et de ChIP, pour identifier, en les comparant avec des données de RNAseq préalablement obtenues, les régions régulatrices de la guêpe associées à l'activation des séquences virales. Par analyse de motifs contenus dans ces séquences régulatrices nous souhaitons identifier les facteurs qui déclenchent la transcription coordonnée des gènes viraux.
A Master student will be hired this semester and Ange Lorenzi, a PhD student of Nathalie Volkoff, has already started producing small RNAs from H. didymator (to complement the grant story).
Hopefully we'll be able to tell a nice story on host-parasite interaction!